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Les fongicides systémiques, de par leur spectre d’action, sont très propices au développement d’une résistance de la part des organismes phytopathogènes. Plusieurs tests réalisés avec Botrytis révèlent des cas de résistance aux fongicides. Cependant, il existe quelques moyens pour éliminer ou éviter la présence de champignons résistants. Un service de détection de la résistance au Botrytis est offert au Laboratoire de diagnostic en phytoprotection.