Tout usage de substances antimicrobiennes, comme les antibiotiques, peut entraîner la sélection de souches de microorganismes résistants (le plus souvent des bactéries). Les effets de cette résistance chez les humains sont étudiés depuis longtemps, d’où les recommandations d’un usage judicieux en toutes circonstances. En ce qui concerne les usages vétérinaires, ils contribuent aussi au problème de la résistance, situation toutefois moins élucidée. Un autre aspect du problème est l’absence d’information claire sur le devenir ou le cheminement environnemental des substances antimicrobiennes, à savoir quelles sont les voies par lesquelles elles peuvent atteindre les humains, par exemple, leur cheminement dans l’eau souterraine ou de surface. Il est à noter que ce document ne traite pas de la présence de résidus dans les aliments.