L’amarante tuberculée est une mauvaise herbe très difficile à contrôler, considérée comme l’une des plus problématiques en agriculture. Elle a été détectée pour la première fois au Québec en 2017, en Montérégie-Ouest. Jusqu’en 2022, 76 populations ont été identifiées, toutes résistantes à au moins un groupe d’herbicides (groupes 2, 5, 9, 14 et 27), incluant des cas de résistance à l’atrazine (groupe 5) et à la mésotrione (groupe 27), même lorsqu’ils sont appliqués en mélange. Certaines populations montrent une résistance à quatre groupes d’herbicides, ce qui complique leur gestion. La lutte intégrée repose sur une intervention rapide dès la détection, avec des stratégies adaptées au profil de résistance, déterminé par des tests classiques ou moléculaires. Ces derniers offrent l’avantage de fournir des résultats plus rapidement, mais nécessitent une connaissance préalable des mutations impliquées. Le projet visait à développer des méthodes moléculaires pour détecter rapidement la résistance aux groupes 5, 14 et 27. Un test moléculaire pour le groupe 14 a été mis au point et transféré au Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection (LEDP-MAPAQ) en 2019. Depuis 2020, 114 tests ont été réalisés. Concernant la résistance à l’atrazine, elle serait liée à une augmentation de l’activité des glutathion-S-transférases, notamment le gène AtuGSTF2, identifié comme candidat principal. Des marqueurs moléculaires ont été développés et sont en cours de validation. Enfin, des études d’expression génique et une analyse GWAS (Genome Wide Association Study) ont permis d’identifier des gènes et régions génomiques potentiellement impliqués dans la résistance à la mésotrione. Lire la suite

L’amarante tuberculée (Amaranthus tuberculatus) est l’une des mauvaises herbes les plus difficiles à contrôler et a été détectée pour la première fois au Québec en 2017. Depuis, 76 populations ont été identifiées, toutes résistantes à au moins un groupe d’herbicides, et certaines à quatre groupes, incluant l’atrazine et la mésotrione. Pour limiter sa propagation, il est essentiel de mettre en place rapidement des stratégies de lutte adaptées au profil de résistance, lequel peut être déterminé par des tests classiques ou moléculaires. Ce projet visait à développer des méthodes moléculaires rapides pour détecter la résistance aux groupes 5, 14 et 27. Un test pour le groupe 14 a été créé et transféré au LEDP en 2019, et des marqueurs liés au gène AtuGSTF2, associé à la résistance à l’atrazine, sont en cours de validation. Pour la mésotrione, des analyses d’expression génique et une étude GWAS ont permis d’identifier des gènes et des régions génomiques potentiellement impliqués dans la résistance. Lire la suite

Ce projet a consisté à répondre à l’objectif principal qui vise à évaluer la capacité d’identifier par séquençage à haut débit (SHD) des organismes phytopathogènes bactériens et fongiques qui infectent des pommes de terre et des plantes en grandes cultures, et en cultures maraîchères.  En partenariat avec le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ (LEDP) et le Laboratoire de phytopathologie du CEROM, nous avons obtenu et traité des échantillons provenant de nos partenaires entre 2019 et 2022. Nous avons validé les protocoles d’extraction d’acides nucléiques nécessaires selon le type d’échantillon, développé les protocoles de séquençage haut débit sur plateforme MiSeq et MinION (Livrable L3). Au total cinq systèmes de détection ont été retenus pour l’évaluation sur MiSeq et deux systèmes sur MinION. Des tests additionnels ont également permis d’évaluer l’approche NanoMiSeq permettant de soumettre moins d’échantillons en même temps à la phase de séquençage. Cette approche sera plus adaptée au débit analytique du LEDP en saison estivale. Nous avons de plus évalué une approche de préparation de librairie en une seule étape qui permet de réduire les coûts d’opération reliés à l’analyse par SHD. Nous avons également développé un nouvel outil informatique permettant de créer des bases de références taxonomiques en regroupant des séquences de plusieurs bases de données de référence publiques et selon le système d’amplification utilisé pour le SHD. Cet outil (ASVMaker) a été publié dans la revue « Plants » (Annexe 2-4). La base de données taxonomiques de référence spécifiques produite avec cet outil s’intègre dans notre stratégie de double identification (application pour les données obtenues par MiSeq et NanoMiSeq) Nos résultats montrent un fort potentiel des approches SHD pour identifier les genres pathogéniques ciblés (Livrable L2). Pour certains d’entre eux (essentiellement des genres fongiques), il est possible d’identifier des Lire la suite

La lutte génétique contre les maladies des végétaux est l’une des méthodes les plus efficaces et sécuritaires qui soit pour l’environnement. Dans le cas du soya, une des grandes cultures les plus importantes mondialement, il existe des variétés exprimant des gènes de résistance (Rps) contre la pourriture causée par l’agent pathogène Phytophthora sojae, un des fléaux liés à cette production. Cependant, comme cette résistance obéit au schéma gène-pour-gène, i.e. un gène de résistance (plante) pour un gène d’avirulence (P. sojae), il est important de pouvoir établir le pathotype de la souche présente dans un champ particulier pour être en mesure de choisir le bon cultivar de soya. L’objectif du présent projet était de développer un outil moléculaire permettant d’obtenir et de caractériser le pathotype de l’agent pathogène P. sojae à partir d’échantillons de sols et/ou plantes récoltés dans des champs de soya au Québec et ailleurs. Ce faisant, suivant l’identification du pathotype de l’agent pathogène dans un champ donné, cela devait permettre de choisir de façon éclairée la variété de soya exprimant le bon gène de résistance pour contrer l’agent pathogène présent.   Lire la suite

La lutte génétique contre les maladies des végétaux est l’une des méthodes les plus efficaces et sécuritaires pour l’environnement. Dans le cas du soya, une des grandes cultures les plus importantes mondialement, il existe des variétés exprimant des gènes de résistance contre la pourriture causée par l’agent pathogène Phytophthora sojae, un des fléaux liés à cette production. Cependant, pour que la lutte génétique fonctionne bien, il faut au préalable, connaître le génotype des facteurs dits d’avirulence (Avr) de la souche de P. sojae qui se trouve dans un champ particulier (pathotype). En effet, les gènes de résistance à P. sojae (Rps) exprimés par différentes variétés de soya, ne sont efficaces que contre certains gènes Avr de l’agent pathogène. C’est pourquoi il est important de déterminer le pathotype de P. sojae qui repose sur la capacité de cet agent pathogène à exprimer, ou non, les gènes Avr qui sont des protéines effectrices issues de la traduction de ces gènes. Les gènes Avr, préalablement identifiés et séquencés, montrent des divergences au niveau de leur ADN ce qui a permis l’identification des séquences génétiques soit, des tronçons d’ADN qui diffèrent entre l’haplotype virulent et l’haplotype avirulent, que l’on décrit plus tard dans le texte comme « marqueurs génétiques ». À l’aide de ces marqueurs, il a été possible de construire des amorces spécifiques dans le but de créer un protocole PCR qui permet de les discriminer et, du même coup, de déterminer, pour un isolat de P. sojae donné, son profil de virulence contre les gènes de résistance (Rps) du soya. L’objectif du présent projet était de développer un outil moléculaire permettant d’obtenir et de caractériser le pathotype des isolats de l’agent pathogène P. sojae prélevés à partir d’échantillons de sols et/ou plantes récoltés dans des champs de soya au Québec et ailleurs. Ce faisant, suivant l’identification du pathotype de l’agent pathogène dans un champ donné, cela devait permettre de choisir de Lire la suite

Cette revue de littérature se positionne dans un contexte où les fongicides chimiques, malgré les efforts pour en réduire l'usage, restent centraux dans les stratégies de protection des cultures. Le problème est amplifié par le retrait progressif des fongicides multisites (peu sujets aux résistances), ce qui accroît la pression sur les fongicides unisites, qui présentent un risque modéré à élevé de développement de résistance. La résistance aux fongicides n'est pas un phénomène nouveau. Dès la fin des années 1960, des cas ont été signalés, mais ils ont été largement sous-estimés car ils étaient apparus après des décennies d'utilisation. La donne a changé à partir des années 1970, où les cas de résistance sont devenus plus fréquents et beaucoup plus rapides à apparaître après la commercialisation des produits. L'exemple le plus frappant est celui du bénomyl, pour lequel une résistance est apparue après seulement deux ans d'utilisation, un phénomène qui s'est répété pour d'autres familles de fongicides. L'objectif de cette revue n'est pas de répéter ce qui est déjà bien documenté dans des ouvrages de référence existants. Son ambition est de synthétiser et de discuter l'état actuel des connaissances sur la résistance aux fongicides pour en faire une ressource accessible et informative, destinée prioritairement aux conseillers, agronomes et producteurs sur le terrain. En résumé, cette revue de littérature vise à fournir une synthèse pratique et actuelle sur le défi urgent de la résistance aux fongicides, en s'adressant directement aux acteurs du monde agricole qui doivent y faire face. Lire la suite