Ce projet avait pour objectif d’améliorer les capacités de diagnostic et de surveillance phytosanitaire au Québec en développant des outils moléculaires innovants. Il s’est concentré sur trois complexes pathogènes majeurs : le complexe Phytophthora dans les sapins de Noël, les bactérioses de l’oignon et les formes spéciales de Fusarium oxysporum dans les cultures maraîchères. Les travaux ont permis de concevoir un test qPCR spécifique à Phytophthora abietivora et de mettre au point un outil de séquençage IonTorrent pour détecter plusieurs espèces du complexe. Un outil basé sur la technologie MinIon a également été développé pour le diagnostic des bactérioses de l’oignon. Enfin, des marqueurs PCR et qPCR ont été adaptés pour identifier différentes formae speciales de Fusarium oxysporum responsables de la fusariose dans des cultures comme la tomate, l’oignon, l’épinard, la laitue, le concombre, la fraise et le céleri. Les connaissances acquises sur la génétique de ces pathogènes ouvrent la voie à l’utilisation future des technologies de séquençage de troisième génération pour des diagnostics rapides et précis.