L’industrie viticole québécoise connaît une forte expansion et adopte des cépages moins rustiques, ce qui entraîne de nouveaux défis, notamment la gestion des virus identifiés comme un facteur majeur limitant la production. Plus de 95 virus affectent la vigne, souvent de manière latente, rendant la détection précoce essentielle. Le projet visait à développer une méthode rapide et économique pour identifier l’ensemble du virome à l’aide de séquençage portable (Oxford Nanopore), comparée à Illumina Miseq. Les analyses (2019-2022) ont montré que l’extraction de dsRNA est plus efficace et moins coûteuse que l’ARN total. L’outil a été validé sur plusieurs cultures et transféré au LEDP avec protocoles simplifiés et formations.
Les résultats ont révélé un virome très diversifié dans les vignes symptomatiques et asymptomatiques, avec apparition des symptômes surtout en automne, sans corrélation entre charge virale et symptômes, ce qui remet en question les méthodes classiques de diagnostic. La coinfection et la composition du virome de fond pourraient expliquer ces variations.