La contamination de l’environnement par des matières fécales peut représenter un risque pour la santé publique et contribuer à l’augmentation des coûts de traitement de l’eau potable. Bien qu’il existe des indices qui permettent parfois de cibler l’origine potentielle de cette contamination, il est généralement difficile de la déterminer avec certitude. Ce projet a conduit au développement d'une procédure permettant d’identifier les espèces animales à l’origine de la contamination fécale de l’eau à l’aide de marqueurs génétiques. La méthode développée a ainsi été validée non seulement au niveau de la spécificité et de la sensibilité, mais aussi au niveau de sa facilité d’interprétation, de son applicabilité, de sa validité et de son efficacité sur le terrain et en bassin versant.