Rapport final CIMDEC : Diagnostic simultané des gènes d'avirulence de Phytophthora sojae pour une gestion optimale de la lutte génétique chez le soya
La lutte génétique contre les maladies des végétaux est l’une des méthodes les plus efficaces et
sécuritaires pour l’environnement. Dans le cas du soya, une des grandes cultures les plus importantes
mondialement, il existe des variétés exprimant des gènes de résistance contre la pourriture causée par
l’agent pathogène Phytophthora sojae, un des fléaux liés à cette production. Cependant, pour que la
lutte génétique fonctionne bien, il faut au préalable, connaître le génotype des facteurs dits d’avirulence
(Avr) de la souche de P. sojae qui se trouve dans un champ particulier (pathotype). En effet, les gènes
de résistance à P. sojae (Rps) exprimés par différentes variétés de soya, ne sont efficaces que contre
certains gènes Avr de l’agent pathogène. C’est pourquoi il est important de déterminer le pathotype de
P. sojae qui repose sur la capacité de cet agent pathogène à exprimer, ou non, les gènes Avr qui sont
des protéines effectrices issues de la traduction de ces gènes. Les gènes Avr, préalablement identifiés
et séquencés, montrent des divergences au niveau de leur ADN ce qui a permis l’identification des
séquences génétiques soit, des tronçons d’ADN qui diffèrent entre l’haplotype virulent et l’haplotype
avirulent, que l’on décrit plus tard dans le texte comme « marqueurs génétiques ». À l’aide de ces
marqueurs, il a été possible de construire des amorces spécifiques dans le but de créer un protocole
PCR qui permet de les discriminer et, du même coup, de déterminer, pour un isolat de P. sojae donné,
son profil de virulence contre les gènes de résistance (Rps) du soya.
L’objectif du présent projet était de développer un outil moléculaire permettant d’obtenir et de
caractériser le pathotype des isolats de l’agent pathogène P. sojae prélevés à partir d’échantillons de
sols et/ou plantes récoltés dans des champs de soya au Québec et ailleurs. Ce faisant, suivant
l’identification du pathotype de l’agent pathogène dans un champ donné, cela devait permettre de
choisir de façon éclairée la variété de soya exprimant le bon gène de résistance pour contrer le
pathotype de l’isolat présent.
sécuritaires pour l’environnement. Dans le cas du soya, une des grandes cultures les plus importantes
mondialement, il existe des variétés exprimant des gènes de résistance contre la pourriture causée par
l’agent pathogène Phytophthora sojae, un des fléaux liés à cette production. Cependant, pour que la
lutte génétique fonctionne bien, il faut au préalable, connaître le génotype des facteurs dits d’avirulence
(Avr) de la souche de P. sojae qui se trouve dans un champ particulier (pathotype). En effet, les gènes
de résistance à P. sojae (Rps) exprimés par différentes variétés de soya, ne sont efficaces que contre
certains gènes Avr de l’agent pathogène. C’est pourquoi il est important de déterminer le pathotype de
P. sojae qui repose sur la capacité de cet agent pathogène à exprimer, ou non, les gènes Avr qui sont
des protéines effectrices issues de la traduction de ces gènes. Les gènes Avr, préalablement identifiés
et séquencés, montrent des divergences au niveau de leur ADN ce qui a permis l’identification des
séquences génétiques soit, des tronçons d’ADN qui diffèrent entre l’haplotype virulent et l’haplotype
avirulent, que l’on décrit plus tard dans le texte comme « marqueurs génétiques ». À l’aide de ces
marqueurs, il a été possible de construire des amorces spécifiques dans le but de créer un protocole
PCR qui permet de les discriminer et, du même coup, de déterminer, pour un isolat de P. sojae donné,
son profil de virulence contre les gènes de résistance (Rps) du soya.
L’objectif du présent projet était de développer un outil moléculaire permettant d’obtenir et de
caractériser le pathotype des isolats de l’agent pathogène P. sojae prélevés à partir d’échantillons de
sols et/ou plantes récoltés dans des champs de soya au Québec et ailleurs. Ce faisant, suivant
l’identification du pathotype de l’agent pathogène dans un champ donné, cela devait permettre de
choisir de façon éclairée la variété de soya exprimant le bon gène de résistance pour contrer le
pathotype de l’isolat présent.