Ce projet a consisté à répondre à l’objectif principal qui vise à évaluer la capacité d’identifier par séquençage à haut débit (SHD) des organismes phytopathogènes bactériens et fongiques qui infectent des pommes de terre et des plantes en grandes cultures, et en cultures maraîchères.  En partenariat avec le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ (LEDP) et le Laboratoire de phytopathologie du CEROM, nous avons obtenu et traité des échantillons provenant de nos partenaires entre 2019 et 2022. Nous avons validé les protocoles d’extraction d’acides nucléiques nécessaires selon le type d’échantillon, développé les protocoles de séquençage haut débit sur plateforme MiSeq et MinION (Livrable L3). Au total cinq systèmes de détection ont été retenus pour l’évaluation sur MiSeq et deux systèmes sur MinION. Des tests additionnels ont également permis d’évaluer l’approche NanoMiSeq permettant de soumettre moins d’échantillons en même temps à la phase de séquençage. Cette approche sera plus adaptée au débit analytique du LEDP en saison estivale. Nous avons de plus évalué une approche de préparation de librairie en une seule étape qui permet de réduire les coûts d’opération reliés à l’analyse par SHD. Nous avons également développé un nouvel outil informatique permettant de créer des bases de références taxonomiques en regroupant des séquences de plusieurs bases de données de référence publiques et selon le système d’amplification utilisé pour le SHD. Cet outil (ASVMaker) a été publié dans la revue « Plants » (Annexe 2-4). La base de données taxonomiques de référence spécifiques produite avec cet outil s’intègre dans notre stratégie de double identification (application pour les données obtenues par MiSeq et NanoMiSeq) Nos résultats montrent un fort potentiel des approches SHD pour identifier les genres pathogéniques ciblés (Livrable L2). Pour certains d’entre eux (essentiellement des genres fongiques), il est possible d’identifier des Lire la suite

L’industrie viticole québécoise connaît une forte expansion et adopte des cépages moins rustiques, ce qui entraîne de nouveaux défis, notamment la gestion des virus identifiés comme un facteur majeur limitant la production. Plus de 95 virus affectent la vigne, souvent de manière latente, rendant la détection précoce essentielle. Le projet visait à développer une méthode rapide et économique pour identifier l’ensemble du virome à l’aide de séquençage portable (Oxford Nanopore), comparée à Illumina Miseq. Les analyses (2019-2022) ont montré que l’extraction de dsRNA est plus efficace et moins coûteuse que l’ARN total. L’outil a été validé sur plusieurs cultures et transféré au LEDP avec protocoles simplifiés et formations. Les résultats ont révélé un virome très diversifié dans les vignes symptomatiques et asymptomatiques, avec apparition des symptômes surtout en automne, sans corrélation entre charge virale et symptômes, ce qui remet en question les méthodes classiques de diagnostic. La coinfection et la composition du virome de fond pourraient expliquer ces variations. Lire la suite

L’industrie viticole québécoise connaît une forte expansion et adopte des cépages moins rustiques, ce qui entraîne de nouveaux défis, notamment la gestion des virus identifiés comme un facteur majeur limitant la production. Plus de 95 virus affectent la vigne, souvent de manière latente, rendant la détection précoce essentielle. Le projet visait à développer une méthode rapide et économique pour identifier l’ensemble du virome à l’aide de séquençage portable (Oxford Nanopore), comparée à Illumina Miseq. Les analyses (2019-2022) ont montré que l’extraction de dsRNA est plus efficace et moins coûteuse que l’ARN total. L’outil a été validé sur plusieurs cultures et transféré au LEDP avec protocoles simplifiés et formations. Les résultats ont révélé un virome très diversifié dans les vignes symptomatiques et asymptomatiques, avec apparition des symptômes surtout en automne, sans corrélation entre charge virale et symptômes, ce qui remet en question les méthodes classiques de diagnostic. La coinfection et la composition du virome de fond pourraient expliquer ces variations. Lire la suite

Les maladies susceptibles de causer des dommages à la vigne sont causées par un large éventail d’organismes: phytoplasmes, virus, bactéries, levures, pseudochampignons et champignons. Ces organismes affectent les différents organes de la vigne soit les racines, bois, sarments, feuilles et baies. Les symptômes visuels varient selon les conditions météorologiques, l’état de santé de la vigne (stress, carence), l’âge des organes affectés et la population de l’agent pathogène (taille et diversité génétique). Le diagnostic de ces organismes et des maladies qu’ils causent est donc complexe d’autant que certains de ces organismes peuvent être dans un stade ‘latent’ sans causer de symptômes apparents ou être plusieurs à affecter simultanément la vigne. De plus, certains des champignons pathogènes se sont adaptés aux fongicides, adaptation généralement exprimée par des mutations dans leur génome. Les individus résistants présentent des phénotypes semblables ce qui rend le diagnostic visuel impossible. Par contre, il est possible de détecter les individus résistant à l’aide de tests moléculaires. C’est dans ce contexte que le projet a été réalisé et visait à développer des tests moléculaires qui permettent de détecter et d’identifier ces organismes ainsi que les mutations liées à la résistance aux fongicides. Les champignons ciblés sont les nouvelles espèces de Botrytis cinerea (pourriture de la grappe/moisissure grise), Elsinoë ampelina (anthracnose), Erysiphe necator (blanc), Guignardia bidwellii (pourriture noire), Phomopsis viticola (excoriose), les nouvelles sous–espèces de Plasmopara viticola riparia, P.v. aestivalis et P.v. vinifera (mildiou), Colletotrichum spp. (pourriture de maturité des baies), Greeneria uvicola (pourriture amère), Pilidiella diplodiella (rot blanc) et Pseudopezicula tracheiphila (rougeot parasitaire). Lire la suite

Cette revue de littérature se positionne dans un contexte où les fongicides chimiques, malgré les efforts pour en réduire l'usage, restent centraux dans les stratégies de protection des cultures. Le problème est amplifié par le retrait progressif des fongicides multisites (peu sujets aux résistances), ce qui accroît la pression sur les fongicides unisites, qui présentent un risque modéré à élevé de développement de résistance. La résistance aux fongicides n'est pas un phénomène nouveau. Dès la fin des années 1960, des cas ont été signalés, mais ils ont été largement sous-estimés car ils étaient apparus après des décennies d'utilisation. La donne a changé à partir des années 1970, où les cas de résistance sont devenus plus fréquents et beaucoup plus rapides à apparaître après la commercialisation des produits. L'exemple le plus frappant est celui du bénomyl, pour lequel une résistance est apparue après seulement deux ans d'utilisation, un phénomène qui s'est répété pour d'autres familles de fongicides. L'objectif de cette revue n'est pas de répéter ce qui est déjà bien documenté dans des ouvrages de référence existants. Son ambition est de synthétiser et de discuter l'état actuel des connaissances sur la résistance aux fongicides pour en faire une ressource accessible et informative, destinée prioritairement aux conseillers, agronomes et producteurs sur le terrain. En résumé, cette revue de littérature vise à fournir une synthèse pratique et actuelle sur le défi urgent de la résistance aux fongicides, en s'adressant directement aux acteurs du monde agricole qui doivent y faire face. Lire la suite

L'objectif principal de ce projet a été de développer une méthodologie de détection moléculaire rapide, fiable et sensible qui assure l’identification des virus des framboisiers et des fraisiers. Ce processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combine les techniques de SHD à des outils d’analyses bio-informatiques pour aider le phytopathologiste à faire un diagnostic. Les techniques SHD peuvent être basées sur la plateforme NextSeq d’Illumina ou MinION d’ONT selon des considérations techniques, économiques et d’efficacité diagnostique. Les objectifs spécifiques du projet ont été de : ? Développer une collection d’échantillons de fraisiers et de framboisiers sains et virosés ainsi que de séquences génomiques de chaque virus ciblé; ? Comparer l’efficacité des méthodes diagnostiques ELISA et RT-PCR actuellement utilisées par le LEDP à celles d’un PDIV basé sur des techniques SHD. Ultimement, le PDIV conduira au développement d’un outil d’aide à la décision (OAD) pour le diagnosticien; ? Comparer les coûts d’implantation et d’utilisation des méthodes diagnostiques actuellement utilisées par le LEDP à ceux du PDIV + OAD; ? Former le personnel du LEDP et d'autres utilisateurs potentiels à l’emploi du PDIV, de sa base de données et de son interface conviviale, l’OAD. Lire la suite

Laissez-vous aider par des conseillers d’expérience. Le service mentorat en horticulture maraîchère et fruitière vous permet de bénéficier de l’accompagnement personnalisé d’un expert pour vous appuyer. Découvrez nos conseillers mentors prêts à partager leur savoir-faire : Denis Giroux (horticulture conventionnelle et biologique) Maxime Brière (pommes de terre) Sébastien Martinez (pommes de terre) Nadia Surdek (horticulture conventionnelle et biologique) Julien Brière (pommes de terre et petits fruits) Anne Weill (horticulture biologique) Isabelle Turcotte (pomiculture et viticulture) Gaëlle Dubé (viticulture) Sophie Guimont (horticulture biologique) Bon à savoir : le temps que vous consacrez au mentorat, en rencontres individuelles avec votre mentor ou lors d’activités collectives, est reconnu comme formation continue par l’Ordre des agronomes du Québec. Inscrivez-vous au service de mentorat pour profiter des conseils d’un expert selon vos besoins, à votre rythme, tout en bonifiant votre dossier de formation. Accédez à la plateforme dédiée. Ce projet est financé par l’entremise du Programme services-conseils, en vertu du Partenariat canadien pour une agriculture durable, entente conclue entre les gouvernements du Canada et du Québec. Lire la suite

Nouvelles homologations - Été 2025 

C'est le temps de prendre vos analyses foliaires. Les échantillons pour les arbres fruitiers doivent être prélevés à la fin de la période de croissance (en juillet) lorsque le bourgeon terminal commence à se former. Pour plus de détails, voir la fiche "Analyses requises pour une bonne fertilisation"

Les cultures fruitières émergentes ou de créneau sont nombreuses et demandent des méthodes de culture qui diffèrent entre elles. C’est pourquoi les conseillers et les conseillères du comité sur les fruits émergents de la table sectorielle en horticulture du ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation ont voulu cibler les besoins en recherche et en formation dans ce secteur. À cette fin, ils ont transmis un questionnaire à diverses personnes qui travaillent dans le domaine. Lors de cette démarche, les intervenantes et les intervenants étaient invités à identifier et à noter les besoins propres à chacune de ces cultures : argousier, camerise, sureau, kiwi rustique, noix et noisette, aronia, cerisier nain, cassis et amélanchier. Ce document présente les résultats de la consultation et la hiérarchisation des besoins exprimés par les personnes consultées.   Lire la suite