Les choix du pilote

Ce projet a consisté à répondre à l’objectif principal qui vise à évaluer la capacité d’identifier par séquençage à haut débit (SHD) des organismes phytopathogènes bactériens et fongiques qui infectent des pommes de terre et des plantes en grandes cultures, et en cultures maraîchères.  En partenariat avec le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ (LEDP) et le Laboratoire de phytopathologie du CEROM, nous avons obtenu et traité des échantillons provenant de nos partenaires entre 2019 et 2022. Nous avons validé les protocoles d’extraction d’acides nucléiques nécessaires selon le type d’échantillon, développé les protocoles de séquençage haut débit sur plateforme MiSeq et MinION (Livrable L3). Au total cinq systèmes de détection ont été retenus pour l’évaluation sur MiSeq et deux systèmes sur MinION. Des tests additionnels ont également permis d’évaluer l’approche NanoMiSeq permettant de soumettre moins d’échantillons en même temps à la phase de séquençage. Cette approche sera plus adaptée au débit analytique du LEDP en saison estivale. Nous avons de plus évalué une approche de préparation de librairie en une seule étape qui permet de réduire les coûts d’opération reliés à l’analyse par SHD. Nous avons également développé un nouvel outil informatique permettant de créer des bases de références taxonomiques en regroupant des séquences de plusieurs bases de données de référence publiques et selon le système d’amplification utilisé pour le SHD. Cet outil (ASVMaker) a été publié dans la revue « Plants » (Annexe 2-4). La base de données taxonomiques de référence spécifiques produite avec cet outil s’intègre dans notre stratégie de double identification (application pour les données obtenues par MiSeq et NanoMiSeq) Nos résultats montrent un fort potentiel des approches SHD pour identifier les genres pathogéniques ciblés (Livrable L2). Pour certains d’entre eux (essentiellement des genres fongiques), il est possible d’identifier des Lire la suite

Cette revue de littérature se positionne dans un contexte où les fongicides chimiques, malgré les efforts pour en réduire l'usage, restent centraux dans les stratégies de protection des cultures. Le problème est amplifié par le retrait progressif des fongicides multisites (peu sujets aux résistances), ce qui accroît la pression sur les fongicides unisites, qui présentent un risque modéré à élevé de développement de résistance. La résistance aux fongicides n'est pas un phénomène nouveau. Dès la fin des années 1960, des cas ont été signalés, mais ils ont été largement sous-estimés car ils étaient apparus après des décennies d'utilisation. La donne a changé à partir des années 1970, où les cas de résistance sont devenus plus fréquents et beaucoup plus rapides à apparaître après la commercialisation des produits. L'exemple le plus frappant est celui du bénomyl, pour lequel une résistance est apparue après seulement deux ans d'utilisation, un phénomène qui s'est répété pour d'autres familles de fongicides. L'objectif de cette revue n'est pas de répéter ce qui est déjà bien documenté dans des ouvrages de référence existants. Son ambition est de synthétiser et de discuter l'état actuel des connaissances sur la résistance aux fongicides pour en faire une ressource accessible et informative, destinée prioritairement aux conseillers, agronomes et producteurs sur le terrain. En résumé, cette revue de littérature vise à fournir une synthèse pratique et actuelle sur le défi urgent de la résistance aux fongicides, en s'adressant directement aux acteurs du monde agricole qui doivent y faire face. Lire la suite