Ce projet a consisté à répondre à l’objectif principal qui vise à évaluer la capacité d’identifier par séquençage à haut débit (SHD) des organismes phytopathogènes bactériens et fongiques qui infectent des pommes de terre et des plantes en grandes cultures, et en cultures maraîchères.  En partenariat avec le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection du MAPAQ (LEDP) et le Laboratoire de phytopathologie du CEROM, nous avons obtenu et traité des échantillons provenant de nos partenaires entre 2019 et 2022. Nous avons validé les protocoles d’extraction d’acides nucléiques nécessaires selon le type d’échantillon, développé les protocoles de séquençage haut débit sur plateforme MiSeq et MinION (Livrable L3). Au total cinq systèmes de détection ont été retenus pour l’évaluation sur MiSeq et deux systèmes sur MinION. Des tests additionnels ont également permis d’évaluer l’approche NanoMiSeq permettant de soumettre moins d’échantillons en même temps à la phase de séquençage. Cette approche sera plus adaptée au débit analytique du LEDP en saison estivale. Nous avons de plus évalué une approche de préparation de librairie en une seule étape qui permet de réduire les coûts d’opération reliés à l’analyse par SHD. Nous avons également développé un nouvel outil informatique permettant de créer des bases de références taxonomiques en regroupant des séquences de plusieurs bases de données de référence publiques et selon le système d’amplification utilisé pour le SHD. Cet outil (ASVMaker) a été publié dans la revue « Plants » (Annexe 2-4). La base de données taxonomiques de référence spécifiques produite avec cet outil s’intègre dans notre stratégie de double identification (application pour les données obtenues par MiSeq et NanoMiSeq) Nos résultats montrent un fort potentiel des approches SHD pour identifier les genres pathogéniques ciblés (Livrable L2). Pour certains d’entre eux (essentiellement des genres fongiques), il est possible d’identifier des Lire la suite

Les maladies susceptibles de causer des dommages à la vigne sont causées par un large éventail d’organismes: phytoplasmes, virus, bactéries, levures, pseudochampignons et champignons. Ces organismes affectent les différents organes de la vigne, soit les racines, bois, sarments, feuilles et baies. Les symptômes visuels varient selon les conditions météorologiques, l’état de santé de la vigne (stress, carence), l’âge des organes affectés et la population de l’agent pathogène (taille et diversité génétique). Le diagnostic de ces organismes et des maladies qu’ils causent est donc complexe d’autant que certains de ces organismes peuvent être dans un stade ‘latent’ sans causer de symptômes apparents ou être plusieurs à affecter simultanément la vigne. De plus, certains des champignons pathogènes se sont adaptés aux fongicides, adaptation généralement exprimée par des mutations dans leur génome. Les individus résistants présentent des phénotypes semblables, ce qui rend le diagnostic visuel impossible. Par contre, il est possible de détecter les individus résistant à l’aide de tests moléculaires. C’est dans ce contexte que le projet a été réalisé et visait à développer des tests moléculaires qui permettent de détecter et d’identifier ces organismes ainsi que les mutations liées à la résistance aux fongicides. Les champignons ciblés sont les nouvelles espèces de Botrytis cinerea (pourriture de la grappe/moisissure grise), Elsinoë ampelina (anthracnose), Erysiphe necator (blanc), Guignardia bidwellii (pourriture noire), Phomopsis viticola (excoriose), les nouvelles sous–espèces de Plasmopara viticola riparia, P.v. aestivalis et P.v. vinifera (mildiou), Colletotrichum spp. (pourriture de maturité des baies), Greeneria uvicola (pourriture amère), Pilidiella diplodiella (rot blanc) et Pseudopezicula tracheiphila (rougeot parasitaire). Les deux premières années du projet ont permis d’évaluer la performance de deux kits d’extraction d’ADN commerciaux fréquemment utilisés par le laboratoire Lire la suite

L'objectif principal de ce projet a été de développer une méthodologie de détection moléculaire rapide, fiable et sensible qui assure l’identification des virus des framboisiers et des fraisiers. Ce processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combine les techniques de SHD à des outils d’analyses bio-informatiques pour aider le phytopathologiste à faire un diagnostic. Les techniques SHD peuvent être basées sur la plateforme NextSeq d’Illumina ou MinION d’ONT selon des considérations techniques, économiques et d’efficacité diagnostique. Les objectifs spécifiques du projet ont été de : ? Développer une collection d’échantillons de fraisiers et de framboisiers sains et virosés ainsi que de séquences génomiques de chaque virus ciblé; ? Comparer l’efficacité des méthodes diagnostiques ELISA et RT-PCR actuellement utilisées par le LEDP à celles d’un PDIV basé sur des techniques SHD. Ultimement, le PDIV conduira au développement d’un outil d’aide à la décision (OAD) pour le diagnosticien; ? Comparer les coûts d’implantation et d’utilisation des méthodes diagnostiques actuellement utilisées par le LEDP à ceux du PDIV + OAD; ? Former le personnel du LEDP et d'autres utilisateurs potentiels à l’emploi du PDIV, de sa base de données et de son interface conviviale, l’OAD. Lire la suite

Les grandes cultures ainsi que les productions maraîchères et émergentes présentent de nombreuses maladies qui sont causées par des organismes pathogènes bactériens, fongiques et viraux. Aussi, pour identifier ces maladies, le processus de diagnostic en laboratoire est souvent long et complexe.  L’objectif de ce projet a été de développer un processus d’analyse employant le séquençage de nouvelle génération afin d’offrir une évaluation simultanée, quantitative et précise de chaque pathogène ciblé via une interface intuitive. Cette approche de diagnostic révolutionnaire contribuera significativement à réduire les délais reliés au diagnostic et permettra aux producteurs et aux conseillers agricoles de prendre des décisions rapides et éclairées quant à l’utilisation des pesticides.   Lire la suite

Agriculture et Agroalimentaire Canada s’est engagé à offrir un meilleur accès à la science fédérale au public, à la communauté scientifique et au secteur de l'agriculture, afin d’aider les Canadiens et les Canadiennes à comprendre l’importance de nos recherches. Récemment, nous avons publié le Plan d'action pour la science ouverte d’AAC, qui améliorera l’accessibilité des travaux scientifiques du Ministère financés par le public. Ce plan permettra aussi d’accélérer le rythme des nouvelles découvertes et innovations au sein de la communauté scientifique élargie, et il aidera le gouvernement du Canada à remplir son engagement de créer un gouvernement plus ouvert. (An English version is also available here: Open Science Action Plan 2021 - 2026) Lire la suite

Chaque année, Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) partage quelques-unes de ses réussites scientifiques les plus remarquables dans Innovations en agriculture.  La plus récente édition d’Innovations en agriculture (Volume V) est maintenant disponible en ligne sur le site Web Publications du gouvernement du Canada (dans la section "Numéros", cliquez sur 2021). Vous pourrez y lire 19 histoires de réussites scientifiques inspirantes,  une nouvelle section sur notre large éventail de collections et de ressources, ainsi que trois nouvelles sections spéciales qui mettent en vedette l’agriculture dans le Nord, l’agriculture autochtone et les laboratoires vivants d’AAC. Ces sections soulignent d’excitants progrès réalisés dans le cadre d’initiatives clés du Ministère. Nous espérons que vous apprécierez la lecture des articles publiés dans ce volume, qui portent sur certaines de nos plus récentes réalisations scientifiques, et nous vous invitons à les partager. An English version is also available :Government of Canada Publications website. (Click on 2021 in the "Issues" section) Lire la suite

Des Rachel qui changent le monde souligne 60 ans de science, de nature et de lutte contre les pesticides, en rendant hommage au livre-culte « Printemps silencieux » de Rachel Carson. Dès sa sortie en 1962, son livre dénonce les lourds impacts des pesticides sur la nature et notre santé. À travers une enquête citoyenne qui l’amène à la rencontre de 10 femmes de science engagées aux quatre coins du Québec, une jeune femme nous fait découvrir cet enjeu qui touche à la fois l’agronomie, la biodiversité, la politique, les lobbys, le droit, la santé et surtout, notre rapport à la nature.   Lire la suite

Le potentiel de la modification génétique pour améliorer la composition nutritionnelle des cultures a été reconnu depuis le début de l’utilisation des techniques de modifications génétiques.